Bộ phim sẽ tập trung vào quá khứ của Ai Haibara và sẽ dựng lại phần Chuyến tàu bí ẩn từ anime truyền hình, nơi Haibara và Conan gặp nhau lần đầu tiên. Bộ phim cũng sẽ bao gồm các cảnh trong phim Kurogane no Submarine ( Tàu ngầm sắt đen ).