Phim Những Vụ Án Của Thám Tử Kindaichi Ở trường cao trung Fudo, thầy hiệu trưởng nhận được những lá thư đe dọa từ một kẻ xưng là ‟Nhà ảo thuật sau giờ học‟, cảnh cáo họ không được phá dỡ khu phòng học cũ. Những tin đồn đầy kinh sợ về những học sinh đã chết trong ‟7 bí ẩn của trường Fudo‟ lại bắt đầu được lan truyền, và chẳng bao lâu sau Kindaichi và Miyuki phải vào cuộc khi câu lạc bộ bí ẩn nhờ họ giúp đỡ điều tra. Khi các thành viên của Câu lạc bộ Bí ẩn lần lượt từng người một bị chết và Miyuki bị tấn công, Kindaichi nhận ra cậu phải phá án trước khi có thêm người nữa bị giết.